司马曜继位时年仅十一岁，成为东晋第九位皇帝，史称晋孝武帝。他的登基在一定程度上打破了东晋皇帝普遍早夭的宿命，为这个动荡的王朝带来了一丝新的希望。刚即位时，由权臣桓温主持朝政，但桓温年事已高，不久便去世，司马曜也因此摆脱了随时可能被废黜的危险处境。 由于皇帝年纪尚幼，谢安为了防止桓氏一族继续掌握大权，便建议由太后褚蒜子临朝听政，自己与王坦之共同辅佐朝政。随着王坦之病逝，朝廷大权逐渐集中在谢安手中。然而，桓温的弟弟桓冲依旧掌握着荆州的军事实力，成为谢安执政时的一大隐患。谢安深知手中缺乏兵权，于是举荐侄子谢玄镇守广陵，并通过招募流民组建北府军，这支军队后来在东晋的存亡中起到了决定性的作用。

刘裕的地位已超越群臣，他不仅总揽朝政，还以十郡之地建立宋国，地位与昔日桓温相似，甚至更甚。至此，他称帝已无阻碍。为顺应预言“晋孝武帝之后尚有二帝”，刘裕先拥立晋恭帝司马德文，再逼其禅位于己。最终，刘裕建立宋朝，东晋的司马政权至此彻底覆亡。